CIP系統的基本清洗程序一般按以下的要求進行：水沖洗-酸洗(或堿洗，或先堿后酸)-水沖洗-消毒液沖洗-(無菌水沖洗)。其操作過程及要求說明如下：
1. 第一次水沖洗又叫“前洗”，主要是將被清洗的設備、容器、管道中物料的殘渣、粘滯的液體盡可能沖洗掉，使之不會進入洗滌劑罐。用于前洗的水一般都是排放掉的，為了節約用水，前洗水常常是使用后洗水的回收部分。而且前洗水罐一般都比較大，前洗過程大約需要10~15min，被清洗的設備越大，沖洗時間越長，如果使用的清洗設備越簡單，例如使用洗球形式，沖洗時間也比較長。
2. 酸洗或堿洗，即在前洗的基礎上用堿性洗滌劑或酸性洗滌劑對設備進行較為徹底的清洗。清除粘結的殘余有機物，包括黏性較大的顆粒殘留物如淀粉顆粒、酒花樹脂、蛋白質，加熱表面被燒結的糊狀物、焦糖之類，還包括必須使用酸或堿才能溶解的其他固體物質。這個沖洗時間比較長，大約需要20~40min，這是CIP清洗的主要清洗程序，真正的洗滌效果體現在這個過程中。
3. 第二次水洗，又叫“后洗”，是在酸洗或堿洗以后，將殘留在容器、管道內的堿或酸沖洗掉，直至沖出的水呈現中性時為止。在“后洗”時，要注意幾個問題，一是為了防止酸性洗滌劑或堿性洗滌劑被水稀釋，必須將所有的酸或堿全部回收以后方可進行后洗。二是為了
4. 消毒液沖洗，為了保證在冷洗和酸洗情況下進一步滿足設備、管道的無菌條件、往往在后洗結束后再用合適濃度的消毒劑水溶液再沖洗一次。這種消毒劑最好在沖洗后，其殘留液不會對產品產生任何影響，對設備也沒有強烈的腐蝕作用，如過氧乙酸、二氧化氯、過氧化氫等，這樣就不必再用無菌水進行重復沖洗了。近代啤酒釀造為了保證產品質量和食品的安全性，強烈反對使用甲醛之類的殺菌劑對大罐、清酒罐和啤酒設備管道進行殺菌處理，因為甲醛殘留會造成啤酒的口感和飲用安全性出現問題。
5. 無菌水沖洗，應該說用無菌水沖洗本身是一種極為不合理的做法，因為一是制備無菌水要求比較高，包括貯存容器和管道在內的設備都必須滿足無菌條件。二是無菌水的無菌狀態如不能滿足要求，則沖洗效果適得其反。三是使用CIP的沖洗過程時間延長、沖洗水量增加。現代啤酒工業并不提倡使用無菌水沖洗的方式，但是，也不反對一些習慣的、確保消毒后的沖洗做法。比較合理的方法是對后洗水的潔凈程度和可消毒效果的控制，例如，水中添加過氧化氫或使用經稀釋的過氧乙酸溶液，能滿足最后次沖洗的要求，這樣就能省去消毒液和無菌水兩次沖洗的程序，不僅可以節約用水，而且也減少了每次CIP洗滌的時間。
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